Peaaju peamised osad on suuraju, vaheaju, keskaju, tagaaju ja piklikaju. Suuraju katab
suurajukoor, mis on kesknärvisüsteemi kõige arenenum osa, millega on seotud
teadvus, mõtlemine, meeleelundite tegevus, aistingute ja tajude teke, mälu, õppimine
ja õpitu unustamine ning sihipärase tegutsemise kavandamine. Suurajukoor jaguneb
otsmiku-, kiiru-, oimu- ja kuklasagaraks.
Vaheajus paiknevad refleksoloogias “kardinalidena” tuntud hüpofüüs, epifüüs ja
hüpotalamus. Keskaju reguleerib silmade ja pea pööramist heli ja valguse suunas,
neelamis- ja mälumisliigutusi ning lihastoonust.
Tagaaju koosneb sillast ja väikeajust. Sillas asuvad hingamise, südametalitluse
juhtimise ning seedimis- ja kaitsereflekside keskused. Väikeaju ülesanne on inimese
kõikide keeruliste liigutuste koordineerimine ja keha tasakaalu säilitamine. Piklikajus
paiknevad vereringe, hingamise, oksendamise ning aevastus-, neelamis-, köha-, ja
imemisrefleksi keskused ning reguleeritakse happelisuse ja aluselisuse tasakaalu.
Ajutüves asuv retikulaarformatsioon saab infot kogu kesknärvisüsteemilt ning säilitab
selle abil pidevalt meelesüsteemide tundlikkuse taseme, sellest sõltub suuraju
poolkerade töö.
Suuraju süvapiirkonnas ja vaheajus asuv limbiline süsteem reguleerib psüühilist
aktiivsust, mälu, siseelundite talitlust sõltuvalt emotsionaalsest seisundist, valu ja
mõnutunde tajumist, üldist emotsionaalset seisundit ning une ja ärkvelolekut.